۱- بعد از صدور رای هیات‌های مالیاتی، طبق مواد ۳۴ و ۱۵۹ قانون اساسی می‌توانید به دادگاه‌های عمومی شکایت کنید و در صورتی که مدارک و اداله شما کافی باشد و توسط وکیل مجرب دادگستری انجام شود، قاضی دستور توقف یا ابطال رای هیات مالیاتی را صادر می‌کند و در این حالت کار از دست سازمان امور مالیاتی خارج است.
۲- فرصت اعتراض به دیوان عدالت اداری از تاریخ صدور رای هیات مالیاتی، ۳ ماه است.
۳- دیوان عدالت اداری فقط به رای صادره رسیدگی می‌کند و رسیدگی به برگ تشخیص در حوزه اختیارات هیات های مالیاتی است.
۴- رسیدگی دیوان عدالت اداری به صورت ماهوی(ماهیتی) یا همان شکلی است(نقض قوانین یا نقص رسیدگی) یعنی دیوان عدالت اداری فقط می‌تواند رای را ابطال یا تایید کند و نمی‌تواند مالیات را تعدیل کند.
۵- مالیات‌های قطعی شده(برگ قطعی مالیات) تنها در هیات ۲۵۱ مکرر و زیر نظر وزیر اقتصاد امکان پذیر است.
۶- برای مهلت اعتراض به برگ قطعی مالیاتی در هیات ۲۵۱ مکرر ، محدودیتی ندارد. یعنی شما می توانید به برگ قطعی مالیاتی ۲۰ سال قبل خود نیز اعتراض کنید به شرطیکه اجحاف و ناعادلانه بودن مالیات برای شما محرز شود و اسناد و مدارک کافی داشته باشید.
۷- برای رسیدگی پرونده‌های مالیاتی در هیات ۲۵۱ مکرر انضا و تایید شخص وزیر اقتصاد لازم است و هیچ فردی حتی معوان، رییس سازمان امور مالیاتی و سایر مقامات عالی وزارت اقتصاد حق امضا را ندارند.
۸- رسیدگی شورای عالی مالیاتی به پرونده‌های مالیاتی شکلی(ماهوی) است.
۹- هر مودی می‌تواند درخواست کند تا نماینده مورد نظر خود در هیات‌های مالیاتی حاضر شود منتهی حتما باید در زمان ارایه اعتراض به حوزه و در متن لایحه خود این مورد را بیان کند. نماینده مودی باید از تشکل های صنفی یا اتحادیه‎‌ها باشد.