انواع باکتری های موجود در خاک
خاک به عنوان یکی از مهم ترین اکوسیستم‌های میکروبی محل رشد و تکثیر انواع مختلف میکروارگانیسمها است. وسیع ترین تعداد میکروارگانیسمهای شناخته شده در خاک یافت می‌شوند. انواع میکرو ارگانیسمهای مختلف از جمله باکتری ها، قارچ ها، جلبک ها، گلسنگ ها و پروتوزوآها در خاک یافت می‌شوند و باکتری ها فراوان‌ترین میکروارگانیسمهای موجود در خاک هستند.
باکتری های خاک شامل آرتروباکتریها، سودوموناسها، باسیلهای اسپورزا، باکتری های میله‌ای غیر اسپورزا، اکتینومیستها و سیانوباکتریها هستند.
آرتروباکترها:
این باکتری ها از نظر تعداد جنس، در خاک غالب هستند. این باکتری ها چند شکلی بوده و از نظر واکنش گرم متغیر هستند. سلول های آنها در مراحل اولیه رشد میله‌ای شکل و -G و در مراحل بعدی میله‌ای کوتاه و یا کروی +G است. بسیاری از آرتروباکترها دارای تحرک ضعیف هستند. از آنجا که طیف وسیعی از مواد موجود در خاک به عنوان ماده اولیه متابولیسمی آنها مورد استفاده قرار می‌گیرند، لذا این باکتریها در خاک پراکندگی وسیعی دارند. این باکتریها دارای سرعت رشد کم بوده و قدرت رقابت زیادی ندارند.
آدوموناسها:
باکتریهای سودوموناس میله‌ای راست یا خمیده -G و دارای تاژههای قطبی هستند. این باکتریها به جز گونه‌های دینترینیه همگی هوازی هستند. برخی از گونه‌های این جنس برای گیاهان بیماری‌زا بوده و بسیاری دیگر که غیر بیماری‌زا هستند با گیاهان ارتباط نزدیکی دارند. سودوموناسها به قندها، اسیدهای آمینه، الکل ها، چربی ها و بسیاری از سموم حمله کرده و آنها را به عنوان ماده غذایی مورد استفاده قرار می‌دهند. بسیاری از گونه‌های این جنس، به ویژه در محیط های فقیر از نظر آهن، مولد رنگدانه‌های فلورسانتEDTA عمل میکنند. گونه‌های گرانتوموناس برای بسیاری از گیاهان بیماری‌زا بوده و بسیاری از آنها را از روی میزبان اختصاصی شناسایی میکنند. بطور کلی سودموناسها بین 5 تا 20 در صد کل باکتریهای شماره شده خاک در سطح پلیت 1 تشکیل می‌دهد و این مواد در انتقال آهن سه ظرفیتی مشابه هستند.
باسیلهای اسپورزا:
اعضای جنس باسیلوس باکتریهای +G نامتغیر از نظر واکنش گرم و اغلب متحرک هستند. این باسیلها می‌توانند از نوع هوازی مطلق یا بی هوازی مطلق و یا هر دو باشند. این باکتریها در اثر تخمیر گلوکز می‌توانند محصولاتی مانند اتانول ، H2 ، استن و اسیدهای استیک ، فورمیک ، لاکتیک و سوکسینیک را تولید کنند. یک گونه از این جنس باسیلوس پلی میک قادر به تثبیت ازت مولکولی است، و چند گونه دیگر قادر به تولید آنتی بیوتیک هستند. سم تولید شده توسط باکتری باسیلوس تورینجیز برای بسیاری از حشرات بسیار سمی است. بعضی از گونه‌های بی‌هوازی از جنس کلستریدیوم مثل کلستریدیوم بوتریکوم و کلستریدیوم پاستوریانوم قادر به تثبیت ازت مولکولی هستند.
باکتری های میله‌ای غیر اسپورزا:
ازتوباکتریها از مهمترین باکتریهای خاک هستند که در حالت آزاد |ازت ملکولی را تثبیت میکنند. ریزوبیومها و برادی ریزوبیومها از باکتری های تثبیت کننده ازت در حالت همزیستی با گیاهان هستند، که پراکندگی آنها در خاک موجب افزایش حاصلخیزی خاک می‌شود. نیتروزموناسها و نیتروباکترها به عنوان عامل نیتریفیکاسیون در خاک شناخته شده‌اند. لاکتوباسیلها از جمله ارگانوترونهای تخمیرگر هستند که به دلیل قدرت تولید اسید لاکتیک به این نام خوانده می‌شوند. انتروباکترها از دیگر باکترهای تخمیرگر هستند.
اکتینومیستها:
اکتینومیستها یکی از مهم ترین گروههای میکروبی خاک را تشکیل می‌دهند. این گروه شامل 5 نوع میکرومونوسپورا، نوکاردیا، استرپتومیسس، استرپتو اسپورانزیوم و ترمواکتینومیسس هستند که از میان آنها جنس استرپتومیسس 90% از اکتینومیسیتهای جدا شده از خاک را تشکیل می‌دهد. بسیاری از استرپتومیستها مولد آنتی بیوتیک هستند.
سیانوباکتریها:
سیانوباکتریها، پروکاریوتهای فتوسنتز کننده ، کلروفیل‌دار بوده و حاوی رنگدانه‌هایی مانند فیکوسیانین نیز می‌باشند. سیانوباکتریها به صورت تک سلولی، توده‌ای یا رشته‌ای دیده می‌شوند و سیانو باکتریها دارای حرکت کند و خزنده هستند. در سیتوپلاسم این باکتریها اجزا فتوسنتز کننده موسوم به تیلاکوئید وجود دارند که در سطح آنها ذرات حاوی رنگدانه یافت می‌شود. سیانو باکتریها به صورت همزیست با پاره‌ای از گیاهان یافت می‌شوند. به علاوه این گروه باکتریها می‌توانند در تثبیت ازت مهم باشند. شواهدات نشان می‌دهند که هسته و سیستمها محل تثبیت ازت بوده و ترکیبات از این سلول ها به سلولهای مجاور انتقال می‌یابد.
چرخه فسفر:
چرخه فسفر ، عمدتا شامل تبدیل ترکیبات فسفر معدنی به آلی و بالعکس است. در این فرایندها که توسط میکروبها انجام می‌شود در وضعیت اکسایش فسفر تغییر زیادی ایجاد نمی‌شود.
چرخه آهن:
چرخه آهن ، به کمک باکتریهای هتروتروف در خاک انجام می‌شود و به طور کلی شامل تبدیل یون آهن سه ظرفیتی و دو ظرفیتی به یکدیگر است.